De RWS-diensten hebben de regie over traject van aanvragen en verkrijgen van vergunningen bij relevante instanties (oa. LNV, betreffende gemeenten, provincies en waterschappen, leidingbedrijven) t.b.v. realisatieprojecten (bijvoorbeeld i.h.k.v. flora- en faunawetgeving; Wet Ruimtelijke ordening, wet Milieubeheer, bouwstoffenbesluit).